Con licencia regresó B.P a Inglaterra en junio de 1899 pero fue llamado al ministerio de guerra donde se le ordenó salir inmediatamente para Sudáfrica y organizar ahí dos regimientos, pues había amenazas de guerra.

En tres meses el Col. Baden-Powell reclutó, proveyó de caballos, adiestró y fijó los salarios y deberes de dos regimientos en Bechuanaland.

Obtuvo permiso para poner guardia armada a sus bodegas de Mafeking, enviando ahí un regimiento completo.

El 11 de Octubre de 1.899 fue declarada la guerra. 9.000 Boers avanzaron hacia Mafeking, pero sus habitantes estaban animados de un espíritu intrépido.

B.P. contaba con solo 1.000 hombres para proteger a 600 blancos y a 7.000 nativos. Así que construyó un anillo de 60 fuertes y cabo un intrincado sistema de trincheras.

B.P. confió en atacar y aparentar supremacía pues las fuerzas enemigas eran muy superiores. Improviso entonces un tren blindado con el que hacia muchas salidas, dirigiendo las operaciones desde una torre de señales colocada sobre su cuartel general.

Construyó un faro con una lata de galletas llevándolo de fuerte en fuerte, construyeron también varios maniquíes de tamaño regular para engañar a los Boers.

Los sorprendentes dotes de B.P como jefe y como improvisador, permitieron a mafeking soportar un largo sitio hostilizando a un enemigo muy superior.

Un sargento de apellido Page lograba lanzar unas granadas, hechas por ellos mismos, por medio de una caña de pescar a 100 metros, en medio de las filas enemigas.

Los domingos, día de tregua, los Boers observaban cómo los británicos saltaban los alambres de púas “imaginarios” para salir de sus fortificaciones.

El día de Guy Fawkkes, un domingo, hicieron una exhibición de cohetes, castillos, deportes y competiciones incluyendo en una de éstas construir maniquíes de tamaño natural, que más tarde sirvieron para engañar a los Boers.

Conforme el sitio continuaba, la vida se hacía más difícil. Hubo que matar a los caballos para obtener alimento, utilizando sus pieles para hacer cecinas. Con las colas y las crines se hicieron almohadas, con las herraduras bombas y con los huesos se preparó sopa.

Todos los muchachos de mas de 9 años fueron organizados como mensajeros para poder así utilizar todos los hombres como soldados. Mandados por un joven, causaron con su eficiencia gran impresión en B.P.

La defensa de Mafeking impresionó aún a los Boers. Un artillero envió una nota dentro de una granada en la que decía que deseaba beber a la salud de B.P. así que este le envió whisky por intermedio de un emisario con bandera blanca.

B.P cuidó que la vida continuara su curso normal en cuanto era posible. Emitió billetes de una libra y de diez chelines para que los negocios continuaran.

Por la noche Baden Powell solía salir solo a espiar al enemigo. Con frecuencia, por medio de un megáfono, daba órdenes para un ataque imaginario, con lo que conseguía atraer el fuego de los Boers y conservarlos despiertos.

El 12 de mayo de 1.900 los Boers lanzaron un gran ataque y B.P. dirigió con toda calma la operación desde su torre de observación. El comandante Boer y cien de sus hombres fueron capturados encargándose el cuerpo de cadetes de la custodia de los prisioneros.
El 16 de mayo después de 217 días de sitio Mafeking fue auxiliado. Desde Londres la Reina Victoria le envío a B.P. un inspirador telegrama y dio su consentimiento para que fuera ascendido a “Mayor General”.

B.P recibió cientos de cartas de todas partes del mundo. Muchas estaban escritas por jóvenes. A un club de muchachos le escribió como sigue: “Decídanse a hacer un servicio a alguien cada día”

El 29 de agosto de 1900 Lord Roberts lo recomendó para una misión muy importante. La formación de la policía Sudafricana.

Al llegar a la ciudad de El Cabo, fue saludado por una entusiasta multitud que lo llevó en hombros al palacio de gobierno, en donde él debía discutir sus planes con el alto comisario, Lord Milner. Revasaron la guardia y lo dejaron en el salón. El mayordomo demostraba estar sumamente disgustado.

Lord Milner aprobó el gigantesco plan de reorganización que B.P había preparado durante su largo viaje por tren. En Pretoria principió el reclutamiento. Hombres de todas partes del imperio acudieron a su llamado. Les tomó sus huellas digitales para evitar que los indeseables se colaran sin pasar las pruebas.

La guerra se prolongó mas de lo que se esperaba, por lo que la policía sudafricana fue llamada en auxilio del ejército cuando aún estaba en período de organización.

Para Junio de 1901 B.P había reclutado, montado, equipado y adiestrado a 8.000 policías, pero el trabajo intenso que desarrolló día y noche durante dos años afectó su salud y tuvo que ser enviado a su casa.